Introduzione all'interfaccia
La barra dei menu. Esattamente come per le applicazioni Mac OS X, questo è il posto dal quale puoi accedere a tutti i comandi 
La barra degli strumenti ti consente di accedere in modo semplice e veloce ai controlli desiderati. Seleziona Personalizza la barra strumenti dal menu Vista per disporre i tuoi strumenti preferiti nella barra degli strumenti. Inoltre, la barra include la tavolozza strumenti, utilizzata per creare i diagrammi. Puoi mostrare e nascondere la barra degli strumenti utilizzando il pulsante bianco sul lato destro della barra del titolo. 
La barra laterale Aree di disegno mostra tutte le aree di disegno del documento e il livelli in esse contenuti. Puoi fare clic su un'area di disegno e lavorare nella vista area di disegno principale. 
La barra laterale Struttura fornisce una vista gerarchica, basata sul testo del diagramma nell'area di disegno selezionata. Si tratta di un ottimo modo per creare velocemente oggetti di vario tipo, collegarli tra loro e riorganizzarne la struttura. Inoltre, puoi passare alla barra laterale Elenco, che mostra l'ordine di disposizione di tutti gli oggetti, su tutti i livelli, dell'area di disegno selezionata. 
La vista area di disegno è l'ambiente in cui disegni. Puoi utilizzare gli strumenti di disegno per creare forme e collegarle tra loro con linee. Puoi trascinare oggetti, raggrupparli, creare tabelle ed eseguire molte altre operazioni. 
La finestra degli stencil contiene una grande varietà di oggetti che possono essere utilizzati in tantissimi modi. OmniGraffle viene fornito con un'ampia varietà di stencil e puoi anche cercare Graffletopia, un eccellente repository di terze parti per gli stencil creati dagli utenti di OmniGraffle. 
Le impostazioni contengono tutti i controlli necessari per modificare gli oggetti selezionati nell'area di disegno, la stessa area di disegno e l'intero documento. Sono disponibili sedici impostazioni diverse, organizzate in base alle classi di elementi sulle quali producono effetti: Stile, Proprietà, Area di disegno e Documento. 